入职体检时，以下疾病可能被认定为不合格：
传染病类：
乙肝：若为乙肝大三阳且肝功能异常，则可能不合格。但肝功能正常的情况下，单纯乙肝病毒携带者通常不受影响。丙肝：由于丙型肝炎具有传染性，因此患者可能被认定为不合格。梅毒：作为一种性传播疾病，梅毒患者体检时通常不合格。艾滋病：由于艾滋病严重影响免疫系统，可能对工作和他人健康构成潜在风险，因此通常被认定为不合格。肺结核：活动期肺结核具有传染性，且可能影响工作效率和身体健康，因此体检时若胸部影像学检测显示存在肺结核而非陈旧性病变，则可能不合格。严重心血管疾病：如先天性心脏病未治愈、严重心律失常（如室性心动过速、三度房室传导阻滞等）、严重的冠心病、心肌病等，这些疾病可能因影响体力和工作能力，或存在突发疾病风险，而被认定为不合格。
精神疾病：有癫痫病史、精神病史、癔病史、夜游症、严重的神经官能症（如经常头痛头晕、失眠、记忆力明显下降等）的患者，以及精神活性物质滥用和依赖者，可能因工作中存在安全隐患或无法保证工作质量，而被认定为不合格。
严重的内分泌疾病：如未控制的糖尿病，血糖控制不佳时可能出现各种并发症，影响工作和身体健康，因此可能被认定为不合格。
其他疾病：包括血液病（如白血病等）、红斑狼疮、皮肌炎和多发性肌炎、硬皮病等弥漫性结缔组织疾病。这些疾病可能因影响身体机能和工作能力，而被认定为不合格。此外，双耳均有听力障碍且在佩戴助听器情况下仍无法在3米内听清耳语者，也可能因影响工作中的沟通交流而被认定为不合格。
其他严重疾病：未纳入体检标准但被认定为影响正常履行职责的其他严重疾病，如严重的肾脏疾病（肾功能衰竭等）、严重的肝脏疾病（肝硬化失代偿期等）、恶性肿瘤等，均可能导致体检不合格。需留意的是，各企事业单位的体检标准及要求或许有所不同，因此，应依据所拟入职单位的具体规定来了解相关情况。同时，国家已明文禁止就业歧视，这意味着在某些情况下，即便员工罹患某些疾病，只要其病情稳定且不影响其工作能力，单位便不得随意拒绝其录用申请。